ショウジョウバエの研究ツール・データベースまとめ

ショウジョウバエ(Drosophila)の研究をするにあたっての、研究ツールのまとめを備忘録的に残しておきます。
書き漏れ、追加して欲しいツールなどありましたら、サイトのコメントかこちら(haya.m.yamano.neuro@gmail.com)までご連絡お願いいたします。

現在制作段階なので、徐々に情報が増えていくと思います。

更新日: 2023/12/1

データベース

FlyBase

URL: https://flybase.org

ショウジョウバエの総合的なデータベース。遺伝子の配列、発現情報をはじめ、ショウジョウバエの研究論文や研究コミュニティなどの情報を入手することができる。

Paper:

ストックセンター (Stock Center)

Bloomington Drosophila Stock Center

URL: https://bdsc.indiana.edu

アメリカのBloomingtonにあるIndiana Universityのショウジョウバエストックセンターです。
遺伝型による検索だけでなく、Stock No.(BLから始まる番号)などでも検索することができます。

GAL4系統やUAS系統、RNAi系統など多種多様な系統がストックされています。

Vienna Drosophila Resource Center

URL: https://shop.vbc.ac.at/vdrc_store/

オーストリアの Institute of Molecular Biotechnology (IMBA) にあるショウジョウバエストックセンターです。RNAi系統が特に多くストックされています。

KYOTO Drosophila Stock Center

URL: https://kyotofly.kit.jp/cgi-bin/stocks/index.cgi

日本の京都の京都工芸繊維大学にあるストックセンターです。日本にある中で一番大きいショウジョウバエのストックセンターであり、サイトからStockリストがダウンロードできたり、Lineごとにまとまって検索したりすることができる。

KYORIN-Fly : Drosophila species stock center

URL: https://shigen.nig.ac.jp/fly/kyorin/

日本の杏林大学にあるショウジョウバエのストックセンターである。多様な種のショウジョウバエがおり、キイロショウジョウバエの近縁種の変異体などもこのストックセンターから入手することができる。

行動解析ツール

DeepLabCut

URL: http://www.mackenziemathislab.org/deeplabcut

Paper: Mathis A, Mamidanna P, Cury KM, et al. DeepLabCut: markerless pose estimation of user-defined body parts with deep learning. Nat Neurosci. 2018;21(9):1281-1289. DOI:10.1038/s41593-018-0209-y

SLEAP

URL: https://sleap.ai

Paper: Pereira TD, Tabris N, Matsliah A, et al. SLEAP: A deep learning system for multi-animal pose tracking. Nat Methods. 2022;19(4):486-495.
DOI:10.1038/s41592-022-01426-1